Eind 2003 kregen Dijkstra en zijn collega Wim Quist van het Stedelijk Museum het verzoek te adviseren bij de voorbereiding van de meervoudige opdracht voor de uitbreiding van het museum. Ook zouden Quist en Dijkstra adviseren bij de architectenkeuze en zitting nemen in de beoordelingscommissie van de ingezonden plannen. Maar Dijkstra kwam gaandeweg tot de conclusie dat het programma van eisen niet deugde. Het bood te weinig ruimte om de uitbreiding van het museum van een royale ontvangsthal te voorzien die tevens een goede relatie tussen oud en nieuw tot stand zou kunnen brengen. Toen hij voor zijn bezwaren geen gehoor kreeg bij het projectmanagementbureau van de gemeente dat het programma had opgesteld, liet hij het Stedelijk Museum weten zijn adviseursrol neer te leggen. Daarop ontwikkelde Dijkstra een eigen plan buiten de besloten prijsvraag om. Het plan betrof een langwerpig nieuwbouwvolume aan de zijde van het �ezelsoor�. De nieuwbouw was van het bestaande gebouw gescheiden, en daar tevens mee verbonden, door een geheel transparant atrium. De nieuwbouw bevatte de gevraagde tentoonstellingsruimten, alle met daglicht, een caf�-restaurant aan het Museumplein, een auditorium, een bibliotheek met educatieve ruimten, een museumwinkel, een garderobe en ontvangst en circulatieruimten. De tentoonstellingsruimtes op de verdiepingen in de oud- en nieuwbouw werden met elkaar verbonden middels loopbruggen door het atrium.Dijkstra meldde zich aan voor de Europese architectenselectie, maar hij ontving geen uitnodiging voor deelname. Wel werden uitgenodigd Benthem Crouwel, Claus en Kaan architecten, Diederen Dirrix van Wylick, Henket & Partners en architectuurstudio Herman Hertzberger. De jury koos voor het ontwerp van Benthem Crouwel. De plannen die werden ingezonden, waren teleurstellend, ook voor de jury. �Ware het niet dat Benthem en Crouwel een plan met een sterke architectonische uitstraling hadden ingediend, dan was de prijsvraag mislukt�, aldus Dijkstra. Hij werkte zijn plan uit, stuurde het aan alle betrokkenen toe, en zette het op zijn website onder het motto Smart XXI als een studie hors concours (buiten mededinging) ter ondersteuning van de discussie rondom de uitbreiding.